בביה"ס נתיב זבולון ספריה עשירה, עדכנית, מהגדולות ביותר בעיר. משאב לימודי, חוויתי ומרחיב אופקים המושך אליו תלמידים מכל השכבות.

ספריית ביה"ס היא מקום רב ניגודים. מצד אחד – הספרייה שוקקת פעילות במשך היום, בשיעורים ובהפסקות, אך מהצד השני, הספרייה גם מהווה אי של רוגע ושקט למעוניינים בכך.

בזמן השיעורים כל תלמידי בית הספר נכנסים לספריה עם המחנכות והמורות לשפה העברית, לשיעורי עידוד קריאה, במערכת שעות קבועה ומסודרת. הספרנית, אשרת פרידמן, מציגה בפני התלמידים ספרים שונים, התלמידים שומעים את הספר. דנים בו ובערכים העולים ממנו, ומקנחים בפעילות חווייתית כגון משחק או יצירה. פעמים רבות התלמידים גם מכירים סוגות ספרותיות שונות ומתנסים בהן תוך כדי השיעורים. לעיתים, במסגרת השיעורים מתקיימים פרויקטים כיתתיים או שכבתיים. כמובן שהפעילות והספרים מותאמים לשכבות הגיל השונות.

בזמן ההפסקה הספרייה פתוחה לתלמידים לישיבה רגועה וקריאה, שיחה או משחק, וכמובן גם להשאלת ספרים. שיחות רבות מתנהלות בספריה ונוצרות חברויות חדשות. כל תלמידי בית הספר וחברי הצוות מוזמנים בשמחה לבוא לספריה ולבלות בה את ההפסקה בשקט וברוגע, לעיין בספרים וכתבי עת, לקבל המלצות על ספרים ואכן, הספרייה מלאה בתלמידים בכל הפסקה.

הספרייה משתדלת להתחדש בכל עת עבור התלמידים בספרי קריאה מעניינים ועדכניים.

בנוסף לשגרת הפעילות, ספריית בית הספר מפעילה תכניות ומיזמים שונים לאורך שנת הלימודים:

כחלק מפעילות הספרייה בית הספר משתתף בכל שנה בתכנית "מצעד הספרים" של משרד החינוך, שבסופה מקבל בית הספר תלושים לרכישת ספרים, עבור עמידה בכל הקריטריונים של הפעילות.

בכל יום שישי, בזמן ההפסקה, צמד תלמידות מכיתה ה' מפעילות פעילות של "שעת סיפור" , הכוללת סיפור, יצירה וצ'ופר לסיום, עבור תלמידי כיתות א'-ב'.

במהלך השנה מגיעים לכל השכבות סופרים ויוצרים למפגשי סופר במסגרת "סל תרבות" או מפעל "סופר אורח". בכל שנה מתקיים בספריה "יריד קח-תן" לספרים משומשים. הספרייה גם לוקחת חלק פעיל בתכניות בית ספריות כגון חונכות קריאה, פסטיבל מספרי סיפורים ופעילויות נוספות שונות.

הספרייה, השייכת לרשת הספריות "מודיעין-מכבים-רעות" משתתפת גם בפרויקטים עירוניים וארציים, כגון: חידון ארצי על ספרי מנהרת הזמן, פרויקט שנתי משותף של רשת הספריות במודיעין, הכולל גם השתתפות בתערוכה עירונית משותפת של יצירות בעקבות ספרים, שיתוף פעילויות עם ספרניות הרשת ועוד.

ספריית בית הספר נמצאת במיקום מרכזי ונגיש לכולם בבית הספר, ומהווה חלק מרכזי בפעילות הלימודית, החינוכית והחברתית.